Набор для пространственной транскриптомики свежезамороженных образцов

Технология стереосеквенирования (Stereo-seq) — это передовой метод пространственной транскриптомики, который позволяет визуализировать и количественно оценить экспрессию генов в контексте целого кусочка ткани, сохраняя его структуру. Ключевое отличие Stereo-seq заключается в использовании чипа, покрытого миллиардами ДНК-наношариков (DNB), каждый из которых содержит уникальную пространственную «метку» (CID). Эта технология позволяет достичь наноразмерного разрешения и охватывать большие площади образца.

Решение Stereo-seq Transcriptomics Solution v1.3 предназначено для исследования пространственной транскриптомики свежезамороженных образцов. В основе лежит концепция «tissue-to-data» — от ткани к данным за счёт in situ гибридизации всего транскриптома.

Ключевые преимущества Stereo-seq Transcriptomics Solution v1.3:

• Широкая совместимость — решение эффективно работает с различными типами тканей и биологических видов, включая ценные образцы с низким показателем целостности РНК (RIN).
• Высокая чувствительность — усовершенствованная химия обеспечивает высокую эффективность захвата мРНК, увеличивая число выявляемых генов в расчёте на одну клетку.
• Гибкость — доступны чипы двух размеров: 0,5×0,5 см и 1×1 см.

Стадии стереосеквенирования 3’-мРНК из свежезамороженных образцов

Этап 1. Подготовка образцов

Образцы свежезамороженной ткани нарезаются на тонкие срезы (обычно 10 мкм) в криостате. Затем срезы переносятся на поверхность Stereo-Seq чипа, покрытого ДНК-наношариками. Имеется 2 варианта размера чипов: 0,5 см x 0,5 см или 1 см x 1 см.

Этап 2. Окраска и получение изображений

Размещённую на чипе ткань окрашивают, после чего фиксируют изображение морфологии ткани с помощью микроскопа. Этот снимок будет использоваться для совмещения с стереотранскриптомными данными.

Этап 3. Пермеабилизация

Тканевый срез фиксируется на чипе и пермеабилизируется. Этот процесс делает клеточные мембраны проницаемыми и позволяет молекулам мРНК высвободиться из ткани и попасть на поверхность чипа с иммобилизированными на его поверхности пространственно-меченными зондами. На этом этапе используется набор реагентов Stereo-seq Permeabilization Set for Chip-on-a-slide V1.1.

Этап 4. Захват мРНК и синтез кДНК

Высвобожденная мРНК гибридизуется с олиго-dТ зондами, закреплёнными на чипе. Каждый такой зонд также содержит уникальную молекулярную метку (UMI) для точного подсчёта молекул и пространственный баркод (CID), идентифицирующий его местоположение. Затем прямо на чипе проводится обратная транскрипция, в ходе которой синтезируется кДНК. На данном этапе используется набор реагентов Stereo-seq Transcriptomics Set for Chip-on-a-slide V1.3.

Этап 5. Подготовка библиотеки для секвенирования

Полученная кДНК высвобождается с чипа и используется для создания NGS-библиотеки. Для этого применяются стандартные процессы: фрагментация ДНК, лигирование адаптеров и циркуляризация. Все реагенты для осуществления данного этапа содержатся в наборе Набор реагентов Stereo-seq 16 Barcode Library Preparation Kit.

Этап 6. Секвенирование

Готовые библиотеки секвенируются на платформах DNBSEQ-T7, DNBSEQ-T7+ или DNBSEQ-G400 в режиме PE75 с использованием специализированных наборов PE75 Stereo-seq Visualization Reagent set.