Стартовый набор для пространственной транскриптомики Stereo-seq (Chip-on-a-slide)

Стартовый набор Stereo-seq Transcriptomics Starter Kit (Chip-on-a-slide) разработан для пространственного секвенирования транскриптома с использованием технологии Stereo-seq и включает в себя:

• 1X набор для пермеабилизации Stereo-seq Permeabilization Set (Fluorescent Set) for Chip-on-a-slide (8 RXN).
• 1X набор для захвата мРНК и синтеза кДНК Stereo-seq Transcriptomics Set (Gene Expression Set) for Chip-on-a-slide (4 RXN).
• 4X чип STO-mics GeneExpression 1 cm x 1 cm chip.
• 1X набор для подготовки библиотек Stereo-seq Library Preparation kit (4 RXN).
• 1X ПЦР-адаптер Stereo-seq PCR Adaptor (2 EA).

Stereo-seq — пространственная технология, разработанная компанией BGI. Заключается в захвате мРНК из среза ткани с помощью стереочипов и достройки пространственного контекста с использованием пространственного штрихкода (Coordinate ID, CID). Таким образом, создаётся прочная взаимосвязь между данными по экспрессии генов, морфологией клеток и локальной средой.

Технология Stereo-seq интегрирует данные об экспрессии генов и белков, а также другие мультиомиксные данные, позволяя изучать отдельные типы клеток в образце, микросреду тканей, процессы развития клеток и органов. Это мощный инструмент для комплексных исследований с возможностью визуализации и быстрым автоматизированным рабочим процессом.

Рис 1. Описание рабочего процесса.

Преимущества технологии:

• Самое высокое разрешение анализа на сегодняшний день, позволяющее одновременно изучать и анализировать транскриптом на тканевом, клеточном, субклеточном и молекулярном уровнях.
• Увеличенное число лунок для захвата мРНК на максимально возможной площади чипа.
• Совместимость с различными типами образцов, включая свежезамороженные и фиксированные в парафине (FFPE), а также с ценными образцами с низкими значениями RIN ≥ 4 для свежезамороженных образцов или DV200 ≥ 30% для FFPE-образцов.
• Совместимость с разными типами тканей разных биологических видов, включая не только людей, мышей и других животных, но также растения и микроорганизмы.
• Возможность получать объективную информацию об экспрессии всего транскриптома в отличие от целевых подходов, основанных на предварительно разработанных зондах.
• Масштабируемая область исследования благодаря чипам для пространственной транскриптомики размером от 0,5×0,5 см до 13×13 см.