F-ara-EdU (2’-дезокси-2’-фтор-5-этинилуридин). Арт. 3438-100mg

Метаболическое мечение нуклеиновых кислот обычно использует проницаемые для клеток предшественники нуклеотидов: нуклеозиды или нуклеотидные основания. Метаболическое мечение ДНК азид-модифицированными нуклеозидами позволяет проводить динамическую оценку синтеза ДНК de novo во время S-фазы клеточного цикла.

Процесс основан на азид-алкиновом циклоприсоединении, катализируемом медью (I) (CuAAC), или циклоприсоединении, промотируемом напряжением (SPAAC). Полученную функционализированную азидом ДНК можно впоследствии обнаружить с помощью биотина (через алкины биотина или биотин, функционализированный DBCO, соответственно) для последующих задач очистки или путем введения флуоресцентной группы (посредством алкинов флуоресцентных красителей или функционализированных DBCO флуоресцентных красителей, соответственно) для последующей микроскопической визуализации.
Перспективным направлением применения метаболического мечения ДНК является маркировка вновь синтезированной ДНК в различных вирусах (аденовирусах, вирусах герпеса, вирусах коровьей оспы). В течение значительной части жизненного цикла вирусы существуют не в виде морфологически обособленных вирусных частиц, а в виде субвирусных нуклеопротеидных комплексов, интегрированной нуклеиновой кислоты, либо в виде вновь синтезированных компонентов вириона. Таким образом, обнаружение вирусных нуклеиновых кислот является важной задачей при изучении взаимодействие вируса и клетки.
Метаболическое мечение с использованием различных этинилсодержащих нуклеозидов в концентрации 1–2,5 мМ и последующее флуоресцентное мечение с помощью реакции CuAAC позволяет визуализировать вирусную ДНК в клетках млекопитающих с разрешением до одной молекулы методом микроскопии сверхвысокого разрешения. При этом используемые нуклеозиды не влияют на инфекционность вирусных нуклеиновых кислот.

На сегодняшний день наиболее часто используемой этинилсодержащей меткой для ДНК является аналог тимидина 5-этинил-20-дезоксиуридин (EdU), который легко поглощается клетками, метаболизируется до соответствующего трифосфата и позволяет проводить анализ клеточной пролиферации и дифференцировки, измерение активности эксцизионной репарации нуклеотидов, анализ ядерной архитектуры, исследования регенерации тканей, анализ клеточного цикла.
Несмотря на широкое использование EdU для метаболического мечения, следует отметить, что это соединение токсично и нарушает функцию и стабильность ДНК при концентрациях в микромолярном диапазоне, что не позволяет использовать данное соединение для долгосрочных динамических исследований. Эта задача может быть решена с использованием производного арабинофуранозила, F-ara-EdU, менее токсичного, чем EdU, с доказанной эффективностью в экспериментах, где требовалась долговременная выживаемость клеток и/или визуализация глубоких тканей.
F-ara-EdU (2’-дезокси-2’-фтор-5-этинилуридин) – синтетический аналог тимидина, используемый для изучения синтеза ДНК de novo и пролиферации клеток. F-ara-EdU является менее цитотоксичной альтернативой BrdU (5-бром-2’-дезоксиуридину) и EdU (5-этинил-2’-дезоксиуридину).
F-ara-EdU встраивается в реплицирующуюся ДНК во время S-фазы клеточного цикла вместо природного тимидина. Метаболическое включение F-ara-EdU в ДНК можно обнаружить с помощью катализируемой медью клик-реакции с флуоресцентными или биотинилированными азидами.
В отличие от EdU F-ara-EdU практически не вызывает остановки клеточных делений или ингибирования синтеза ДНК. Таким образом, F-ara-EdU подходит для экспериментов, направленных на датирование появления ДНК in vivo и оценку долгосрочной выживаемости клеток. В ряде экспериментов данный нуклеозид использовался при регулярном введении 60 дней и более, не вызывая негативных последствий для жизнедеятельности исследуемых клеток.

Технические характеристики:

• Молекулярная формула: C₁₁H₁₁FN₂O₅
• Молекулярная масса: 270.22
• Растворимость: вода, ДМСО, ДМФА
• Контроль качества: ЯМР 1H и ВЭЖХ-МС (95+%)