VdU (5-винил-2'-дезоксиуридин). Арт. F2540

Метаболическое мечение нуклеиновых кислот обычно использует проницаемые для клеток предшественники нуклеотидов: нуклеозиды или нуклеотидные основания. Метаболическое мечение ДНК азид-модифицированными нуклеозидами позволяет проводить динамическую оценку синтеза ДНК de novo во время S-фазы клеточного цикла.

Процесс основан на азид-алкиновом циклоприсоединении, катализируемом медью (I) (CuAAC), или циклоприсоединении, промотируемом напряжением (SPAAC). Полученную функционализированную азидом ДНК можно впоследствии обнаружить с помощью биотина (через алкины биотина или биотин, функционализированный DBCO, соответственно) для последующих задач очистки или путем введения флуоресцентной группы (посредством алкинов флуоресцентных красителей или функционализированных DBCO флуоресцентных красителей, соответственно) для последующей микроскопической визуализации.
Еще одним вариантом циклоприсоединения без использования катализаторов является реакция Дильса-Альдера (диеновый синтез), основанная на взаимодействии сопряженных диенов с веществами, в молекулах которых есть кратные связи.
Для мечения нуклеиновых кислот используется вариант реакции Дильса-Альдера с обратной потребностью электронов (англ. IEDDA, Electron-Demand Diels–Alder cycloaddition), которая в общем варианте реализации представляет собой циклоприсоединение между богатым электронами диенофилом и бедным электронами диеном.
С использованием данной реакции может быть осуществлено тетразиновое лигирование (реакция IEDDA между тетразином и алкеном) – быстрая и эффективная биоортогональная реакция с напряженными алкенами. При выборе подходящих конъюгатов тетразина интенсивность флуоресцентной визуализации может быть многократно увеличена по сравнению с аналогичными подходами к мечению ДНК другими модифицированными нуклеозидами. Кроме того, данный подход применим для мечения живых клеток и долгосрочных динамических наблюдений.

Данная реакция успешно реализуется для изучения синтеза ДНК de novo и клеточной пролиферации с помощью VdU (5-винил-2’-дезоксиуридин). Это винилированный уридин-нуклеозид – синтетический аналог тимидина, который служит потенциальной заменой другим тимидиновым аналогам – BrdU (5-бром-2’-дезоксиуридину) и EdU (5-этинил-2’-дезоксиуридину).
VdU способен встраиваться в реплицирующуюся ДНК вместо природного тимидина во время S-фазы клеточного цикла. Полученную таким образом винилсодержащую ДНК можно детектировать тетразинами, конъюгированными с биотином или флуоресцентными красителями, с помощью безмедной алкен-тетразиновой реакции (IEDDA) и использовать в дальнейшем для пурификации ДНК или визуализации клеток методами микроскопии или цитометрии.

Технические характеристики:

• Молекулярная формула: C₁₁H₁₄N₂O₅
• Молекулярная масса: 254.24
• Растворимость: ДМСО
• Контроль качества: ЯМР 1H и ВЭЖХ-МС (95+%)
• Вид продукта: желтоватое твёрдое вещество