Анализатор BactoSCREEN для идентификации микроорганизмов

На базе времяпролетного масс-спектрометра LaserToF LT2 Plus (масс-спектрометр производства компании Scientific Analysis Instruments, Великобритания) создана первая отечественная система масс-спектрометрической идентификации микроорганизмов - микробиологический анализатор BactoSCREEN.

В основе системы идентификации используется алгоритм, позволяющий быстро и точно производить идентификацию микроорганизмов по их белковому спектру. Идентификация в BactoSCREEN происходит по рибосомальным белкам, которые являются уникальными для любых микроорганизмов. Биоинформационное программное обеспечение позволяет надёжно и точно проводить видовую идентификацию микроорганизмов путём сопоставления получаемых масс-спектров бактерий с базой данных BactoSCREEN, которая содержит сведения о более, чем 2300 видах микроорганизмов всех типов: бактерий, микобактерий, мицелиальных и дрожжевых грибов.

BactoSCREEN (настольные микробиологические анализаторы) представляют собой автоматизированные многоцелевые измерительные системы, состоящие из лазера, ионного источника, вакуумной камеры, анализатора масс и управляющего компьютера. Ионизация производится лазерным излучением, взаимодействующим с пробами, на которые предварительно наносится матрица (метод MALDI). Возможность программируемого сканирования проб обеспечивает высокую производительность анализов (до 96 за одну загрузку системы). Детектирование ионов осуществляется в вертикально расположенном времяпролетном анализаторе в линейном режиме.

Кроме того, в системе BactoSCREEN используется дополнительный механизм подтверждения идентификации по белковым масс-спектрам с использованием данных геномных последовательностей, имеющихся в таких мировых публичных репозитариях, как GenBank, PATRIC. При этом масс-спектры, полученные в ходе работы на приборе, сравниваются уже не со спектрами из базы данных BactoSCREEN, а с белковыми спектрами, которые по специальному алгоритму реконструируются на основе имеющейся в репозитории геномной последовательности идентифицированного микроорганизма.

ПО BactoSCREEN позволяет производить кластерный и корреляционный анализ, что дает возможность проводить субтипирование микроорганизмов.

В ПО BactoSCREEN имеются специальные разделы для выполнения исследований чувствительности к антибиотикам по гибели бактериальных клеток. Кроме того, существует и возможность по выявлению резистентных штаммов на базе технологии обнаружения специфических продуктов биодеградации антибиотиков (выявление бета-лактамазной и карбопенемазной активности).